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國立中山大學 生物醫學研究所 張雅雯、張榮賢、陳慶鏗所指導 吳心怡的 延腦鼻端網狀腹外側核中泛素-蛋白酶體系統於實驗性內毒素敗血症腦幹死亡模式之角色 （2011），提出Bose 650 PTT關鍵因素是什麼，來自於泛素再循環、第二亞型一氧化氮合成酶、泛素–蛋白酶體系統、延腦鼻端網狀腹外側核、腦幹死亡。
而第二篇論文高雄醫學大學 生物化學研究所 呂濟宇所指導 陳容峻的 利用串聯式質譜儀技術快速分析生物樣品中之磷酸化蛋白質 （2010），提出因為有 蛋白質磷酸化、液相層析串聯式質譜儀、微波、相對定量的重點而找出了 Bose 650 PTT的解答。
延腦鼻端網狀腹外側核中泛素-蛋白酶體系統於實驗性內毒素敗血症腦幹死亡模式之角色
為了解決Bose 650 PTT 的問題，作者吳心怡 這樣論述：
本實驗室早期透過昏迷病患之動脈壓頻譜偵測到源自於延腦鼻端網狀腹外側核之 “生與死” 的訊息，且其訊號消失於隨之而來的腦死之前。除此之外，於一系列之研究中進一步發現存在於延腦鼻端網狀腹外側核中之第二亞型一氧化氮合成酶於腦死過程中表現量增加是導致腦幹喪失調控心臟血管功能的主要原因。泛素–蛋白酶體系統已被證實不僅能調控參與第二亞型一氧化氮合成酶蛋白質新生成之路徑，亦能直接降解其蛋白質。因此，本論文進一步探討泛素–蛋白酶體系統於此模式下如何透過雙方面調節第二亞型一氧化氮合成酶蛋白質表現量與其於腦幹調控心臟血管功能之影響。我們採用Sprague-Dawley雄性大白鼠模擬臨床上腦幹死亡模式。前處理微量
注射蛋白酶體活性抑制劑（lactacystin或proteasome inhibitor II）於雙側延腦鼻端網狀腹外側核中能阻斷因靜脈注射大腸桿菌酯多糖所誘發的低血壓與“生與死” 的訊號降低之現象，然而前處理泛素再循環抑制劑以及Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase L1 (UCH-L1) 活性抑制劑卻造成更嚴重的低血壓以及“生與死”訊號之消失。此外，透過反轉錄聚合酶鏈式反應、西方墨點法、電泳移動遷移分析、染色質免疫沈澱分析以及共同免疫沈澱實驗等等之分子生物技術進一步發現蛋白酶體抑制劑能拮抗此模式下存在於細胞質中受磷酸化之I-κBα於第三期表現量降低、轉錄
因子nuclear factor κB（NF-κB）於細胞核中之表現量以及其與第二亞型一氧化氮合成酶啟動子結合之表現量增加的現象。相較於前處理proteasome inhibitor II，利用decoy κB DNA抑制NF-κB啟動第二亞型一氧化氮合成酶基因的作用對於其蛋白質表現量抑制程度更多。前處理UCH-L1活性抑制劑會提高延腦鼻端網狀腹外側核中之第二亞型一氧化氮合成酶之蛋白質表現量與動物的死亡率，而其mRNA表現量於在此時期尚未顯著改變。根據本論文之研究結果，我們認為延腦鼻端網狀腹外側核中的泛素–蛋白酶體系統於實驗性內毒素敗血症腦幹死亡過程中透過活化NF-κB路徑開啟第二亞型一氧化氮
合成酶之新生成以及對此合成酶直接進行降解作用之雙方面調節的機制，進一步參與腦幹於心臟血管之調控。我們的研究結果對於治療這類致命的病理現象提供了一些新穎的訊息。
利用串聯式質譜儀技術快速分析生物樣品中之磷酸化蛋白質
為了解決Bose 650 PTT 的問題，作者陳容峻 這樣論述：
蛋白質的磷酸化為轉譯後修飾(post-translational modifications; PTMs)的其中一種，在生物體中扮演訊息傳遞的主要角色，使得生理調控機制得以進行。蛋白質磷酸化的位置大部分發生於胺基酸序列中的絲胺酸(serine)與蘇胺酸(threonine)，約佔所有磷酸化胺基酸的99%，少部分為酪胺酸(tyrosine)，但由於較易設計針對磷酸化酪胺酸的抗體，便於使用傳統方法如西方墨點法(western blotting)及免疫沉澱法(immunoprecipitation)進行分析，因此磷酸化酪胺酸對於生理功能的影響較於廣泛地研究。目前常見之分析蛋白質磷酸化的方法包
括西方墨點法、免疫沉澱法、體外激酶活性測定法 (in vitro kinase assay)以及質譜儀(mass spectrometry) 等，其中質譜儀已成為目前研究蛋白質體學最重要的工具之一，本研究即著重於探討使用質譜儀分析磷酸化蛋白質的研究方法。 本研究方向為以下幾點：首先建立以一般常見之家用微波爐加速胰蛋白酶(trypsin)水解蛋白質的方法，實驗中比較了傳統以乾浴加熱器37℃下進行蛋白質水解與使用微波爐協助水解的效率，結果顯示在樣品微小化(2μL)環境中，使用微波爐協助酵素水解效率比乾浴好，且能將反應時間縮短至2分鐘，便利了整體實驗的進行。由於磷酸化影響蛋白質電荷，在質譜離子
化時效率較差，且磷酸化片段在質譜中會產生neutral loss，造成分析上的困難，因此在本實驗中以化學衍生的方式將磷酸基團置換成中性基團，以解決離子化與neutral loss等問題並提升質譜儀檢測磷酸化胜肽片段的能力；另外針對不同的實驗樣品進行衍生後，將兩組樣品混合進行質譜分析，藉由訊號的強度可為兩組實驗中的磷酸化胜肽片段作相對定量。最後，將人類血清蛋白(human serum albumin; HSA)水解後，利用質譜multiple reaction monitoring (MRM)功能製作標準品檢量線，藉此來校正人類血液與尿液中的HSA含量，並以此為基準定量磷酸化蛋白質。 由以
上結果建立使用質譜儀快速且便利之檢測與定量生物樣品中磷酸化蛋白質的方法，具有樣品微小化、縮短反應時間、提升質譜儀分析效率及定量方式等優點。